Od roku 1997 mohou obce a neziskové organizace využívat finanční nástroje na podporu přeshraniční spolupráce v regionu jižní Moravy a Dolního Rakouska.
Zpočátku to byly předvstupní programy CBC Phare (Fond malých projektů, Společný fond malých projektů), na které úspěšně navázal Dispoziční fond 2004-2006 a následně Fond malých projektů 2007-2013.
U projektů s dlouhodobým charakterem (tj. všechny infrastrukturní projekty a neinvestiční projekty s dlouhodobým výstupem) zodpovídá příjemce podpory FMP za tzv. udržitelnost projektu, a to po dobu minimálně 5 let od ukončení realizace projektu.